東京の新名所・ベルツリータワー。遊びに来た江戸川コナンと少年探偵団たちの目の前で、狙撃事件が発生する。狙撃場所に目星を付けたコナンは、女子高生探偵の世良真純と共に犯人のバイクを追う。コナンと旧知のFBI捜査官たちも駆けつけるが、犯人は埠頭から海に逃げてしまう。元ネイビーシールズの軍人が犯人だと思われるこの狙撃事件を、コナン、目暮警部、FBI捜査官らが協力して捜査にあたることに。しかし、新たな狙撃事件が発生し…。